Forschungsinfrastruktur

Foto: Manuel Gutjahr

Mikrobiomik Labor

Die Labore verfügen über eine moderne Ausstattung zur Bearbeitung von wissenschaftlichen Fragestellungen im Themengebiet mikrobielle Diversität in bioökonomischen Produktionssystemen.

Übergeordnetes Ziel ist die Erfassung der Auswirkung bestehender und innovativer agronomischer Managementmaßnahmen, lebensmitteltechnologischer Verfahren und bioverfahrenstechnischer Prozesse auf die mikrobielle Diversität, um optimierte bzw. effizientere Managementstrategien/Verfahren für eine nachhaltige Produktion von Biomasse, gesunden Lebensmitteln und Energie abzuleiten und unerwünschte Wirkungen zu reduzieren.

Auf einer Fläche von über 900 m2 stehen auf zwei Etagen mehr als 20 Laborräume zur Verfügung.

Die Labore sind zugelassen nach BioStoffV, IfSG und TierSeuchEV für Arbeiten mit Mikroorgansimen der Risikogruppe 2 sowie nach GenTG/GenTSV für gentechnische Arbeiten der Sicherheitsstufe 1.

Das Methodenspektrum reicht von der Isolierung, Kultivierung und Charakterisierung von aeroben und anaeroben Mikroorganismen (Archaeen, Bakterien, Pilze) bis hin zur Erfassung komplexer und dynamischer mikrobieller Gemeinschaften mittels qPCR (quantitative PCR), TRFLP (Terminaler Restriktionsfragmentlängenpolymorphismus), DGGE (Denaturierende Gradienten-Gelelektrophorese), MALDI-ToF-MS-Analytik sowie 16S rRNA Gen-Amplikonsequenierung, Genom- und Metagenomsequenzierung (Oxford Nanopore Technology).

Darüber hinaus erfolgt die Wirkungsbestimmung von nicht-thermischen Dekontaminationsverfahren (z. B. Plasma, Hochdruck, PEF) zur Reduktion mikrobiologischer Modellsysteme sowie von natürlich-vorkommenden Mikrobiomen (lebens- und futtermittelassoziiert) mittels konventioneller mikrobiologischer Analysen oder mittels Durchflusszytometrie auf Einzelzellebene.

Laborausstattung:

  • Anaerobic workstation Whitley MG 500
  • Laser-Scanning-Mikroskop (Fa. Leica) sowie Licht- und Fluoreszenzmikroskope
  • Durchflusszytometer CyFlow ML (Sysmex Partec GmbH) und Cytomics FC500 (Beckman Coulter GmbH), Multisizer™ 3 Coulter Counter®, (Beckman Coulter GmbH)
  • MALDI-ToF MS, (Shimadzu Deutschland GmbH) 
  • Pulsfeldgelelektrophorese (PFGE), Denaturierende Gradienten-Gelelektrophorese (DGGE), Kapillarelektrophoresesystem (TRFLP)
  • Sequenzierung (Oxford Nanopore Technologies)
  • Anlagen zur nicht-thermischen Behandlung (z.B. Plasmaverfahren und hydostatischer Hochdruck)