Der Vorstand besteht aus der Wissenschaftlichen Direktorin als Vorsitzender, zwei Stellvertretenden Wissenschaftlichen Direktoren, die aus dem Kreis der Abteilungsleiterinnen und Abteilungsleiter vom Kollegium vorgeschlagen und auf jeweils drei Jahre von der Mitgliederversammlung gewählt werden, und der Verwaltungsleiterin.
Dem Vorstand obliegt die Entscheidung in allen Angelegenheiten des Vereins. Insbesondere beschließt der Vorstand das jährliche Forschungsprogramm, er erstellt den Entwurf des Wirtschaftsplanes, beschließt über die Übernahme von Aufträgen, legt den Organisationsplan und die Geschäftsordnung fest und beschließt über Personalangelegenheiten.

Der Vorstand wird in seiner strategischen Arbeit durch das Vorstandsreferat unterstützt.

• Prof. Dr. Annette Prochnow (Vorsitzende, Wissenschaftliche Direktorin - kommissarisch ab 1.1.2018)
• Prof. Dr. habil. Thomas Amon (1. Stellvertretender Wissenschaftlicher Direktor)
• Prof. Dr.-Ing. Cornelia Weltzien (2. Stellvertretende Wissenschaftliche Direktorin)
• Dr. Uta Tietz (Verwaltungsleiterin)

Mit Wirkung ab 1.1.2018 hat Prof. Dr. Annette Prochnow kommissarisch als Wissenschaftliche Direktorin die Leitung des Leibniz-Instituts für Agrartechnik und Bioökonomie e.V. (ATB) inne.