Die Abteilungen stellen die fachlichen Ressourcen des ATB dar. Alle wesentlichen agrartechnischen Kompetenzbereiche einschließlich der für eine zukunftsorientierte Agrartechnik wichtigen Richtungen „Bioverfahrenstechnik“ und „Technikbewertung und Stoffkreisläufe“ sind als Fachabteilungen angelegt. 

Die Abteilungen haben die Aufgabe, die fachliche und methodische Kompetenz im jeweiligen Wissensgebiet sicherzustellen und weiterzuentwickeln und Forschungsinfrastruktur auf hohem Niveau vorzuhalten.

Abteilungen:

• Bioverfahrenstechnik
• Technikbewertung und Stoffkreisläufe
• Technik der Aufbereitung, Lagerung und Konservierung
• Technik im Pflanzenbau
• Technik in der Tierhaltung
• Technik im Gartenbau
  
  
• Nachwuchsgruppe Data Science in Agriculture 

Die Forschungsarbeit erfolgt interdisziplinär und abteilungsübergreifend innerhalb der problemorientierten Forschungsprogramme (Matrix-Struktur).