Das ATB ist ein Institut der Leibniz-Gemeinschaft mit der Rechtsform eines eingetragenen Vereins (e. V.). Rechtliche Grundlage der Arbeit des Instituts ist die Satzung des Vereins „Leibniz-Institut für Agrartechnik und Bioökonomie e.V. (ATB)“. Oberstes Aufsichtsgremium ist die Mitgliederversammlung. Die fachwissenschaftliche Beratung erfolgt durch den Wissenschaftlichen Beirat.
Weitere Organe des Vereins sind der Vorstand und das Kollegium.
Die Fachabteilungen stellen die fachlichen Ressourcen des ATB dar. Sie haben die Aufgabe, die fachliche und methodische Kompetenz im jeweiligen Wissensgebiet sicherzustellen und weiterzuentwickeln. Die Nachwuchsgruppe hat den Status einer Fachabteilung.

• Abteilung Bioverfahrenstechnik
• Abteilung Technikbewertung und Stoffkreisläufe
• Abteilung Technik der Aufbereitung, Lagerung und Konservierung
• Abteilung Technik im Pflanzenbau
• Abteilung Technik in der Tierhaltung
• Abteilung Technik im Gartenbau
• Nachwuchsgruppe Data Science in Agriculture

Die Forschungsarbeit am ATB ist in einer Forschungsstruktur nach Forschungsprogrammen organisiert. Diese werden interdisziplinär und abteilungsübergreifend bearbeitet. Somit liegt der Forschung am ATB eine Matrix-Struktur zugrunde.

Die ReferentInnen des Vorstandsreferats leisten strategische Unterstützungsarbeit für den Vorstand und erbringen Dienstleistungen für die WissenschaftlerInnen (Forschungsförderung, Koordinierung und Unterstützung von EU-Aktivitäten und Netzwerken, Presse- und Öffentlichkeitsarbeit, Technologietransfer und Know-how-Verwertung).

Die Verwaltung versteht sich auch als Serviceeinheit mit den Aufgaben der allgemeinen Administration, Buchhaltung und Finanzen, Personal, Bibliothek, Information und Dokumentation, IT-Administration und einer Zentralwerkstatt.